Show simple item record

dc.contributor.advisorKaynak, Filiz Betül
dc.contributor.authorGündoğdu, Gülsüm
dc.date.accessioned2018-05-14T10:43:34Z
dc.date.available2018-05-14T10:43:34Z
dc.date.issued2018
dc.date.submitted2018-04-03
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11655/4479
dc.description.abstractThe results of the anticancer activity studies on 1,2,4-triazoles and their fused derivatives showed promising results. Epidemiological studies have shown a reduction in the incidence of cancer in individuals using long-term, regular nonsteroidal antiinflammatory (NSAI) drugs (ibuprofen, flurbiprofen, naproxen). In this thesis the crystal structures of new anticancer active fused triazole derivates compounds carrying NSAI drugs residuals were determined by X-ray powder diffraction method. The compounds structurally analyzed are divided into two groups. The first group of the compounds (Compound 1, Compound 6 and Compound 7) contain 1,2,4-triazolo[3,4-b]-1,3,4-thiadiazines ring system, the second group of the compounds (Compound 2, Compound 3, Compound 4 and Compound 5) contain 1,2,4-triazolo[3,4-b]-1,3,4-thiadiazoles ring system and functional groups. The functional groups of the compounds contain stoichiometric oxygen, carbon, fluorine, ibuprofen, chlorine, sulfur and/or hydrogen. The synchrotron measurements of the Compound 1, Compound 2, Compound 3 and Compound 4 samples were done at the beamline 11-BM at Argonne National Laboratory through the mail-in program. The laboratory X-ray powder diffraction data of the Compound 5, Compound 6 and Compound 7 samples were collected with “Bruker D8 Advance” X–ray diffractometer. The stages of crystal structure determination from X-ray powder diffraction data which were followed are: data collection, unit cell determination and space group assignment (indexing), whole pattern decomposition (Pawley or LeBail refinement), structure solution by using simulated annealing method and Rietveld refinement. At the indexing stage TOPAS 4.2, McMaille, DICVOL, ITO and EXPO programs were used. At the structure solution stage, the indexing solutions obtained by TOPAS 4.2 were used, the structure solutions were applied via DASH or FOX programs with simulated annealing method. The fragments of the molecules for the structure solutions were prepared with the Avogadro or Gaussian program. The Rietveld refinements were performed with FullProf or TOPAS academic program by using soft restraints for bond lengths, bond angles and sometimes for planar groups. By help of using soft restraints in the Rietveld refinements, chemical reasonable structure solutions were obtained. After the Rietveld refinements of the crystal structures, good agreements between calculated and experimental powder diffraction patterns were obtained with acceptable R-factors and χ2 values. The Compound 2 and Compound 3, Compound 6 and Compound 7 were found isostructural. Especially the crystal structures obtained from limited laboratory X-ray powder diffraction data were intended to verify by theoretical methods. The experimental and optimized structures were compared and similar structures were observed. The results of the study of the Compound 1, Compound 2 and Compound 3 were published in 2017 at “Powder Diffraction” journal.tr_TR
dc.description.tableofcontentsÖZET i ABSTRACT iii TEŞEKKÜR v ŞEKİLLER ix ÇİZELGELER xii SİMGELER VE KISALTMALAR xvi 1. GİRİŞ 1 2. KURAMSAL BİLGİ 1: X-IŞINI TOZ KIRINIMI 6 2.1. X-Işını Toz Kırınımı Yöntemine Genel Bakış 6 2.2. X-Işını Toz Kırınım Deseninin İçerdiği Bilgiler ve Deseni Oluşturan Unsurlar 13 2.2.1. X-Işını Toz Kırınımı Şiddeti Bilgisi 14 2.2.2. Arka Plan Katkısı 17 2.2.3. Pik Genişleme Katkısı (FWHM) 17 2.2.3.A. Pik Genişlemesine Cihaz Katkısı 18 2.2.3.B. Pik Genişlemesine Örnek Katkısı 18 2.3. X-Işını Toz Kırınımı Yöntemi ile Kristal Yapının Belirlenmesinde Takip Edilen Sıralama 20 2.3.1. X-Işını Toz Kırınımı Ölçümü için Örnek Hazırlama ve Veri Toplanması 21 2.3.2. İndisleme (Birim hücre parametrelerinin ve uzay grubunun belirlenmesi) 22 2.3.3. Toz Kırınım Profilinin Modellenmesi 25 2.3.3.A. Pik Şekil Fonksiyonu 25 2.3.3.B. Arka Plan Katkısını Modelleme 28 2.3.3.C. Tüm Toz Kırınım Deseni Ayrıştırılması\Uyumu (Whole Pattern Decomposition) 28 2.3.3.C1. Pawley Uyum Yöntemi 31 2.3.3.C2. LeBail Uyum Yöntemi 32 2.3.4. X-Işını Toz Kırınımından Yapı Çözümü 34 2.3.4.A. Geleneksel Yöntemler ile Yapı Çözümü 34 2.3.4.B. Direkt Uzay Yaklaşımı 35 2.3.4.B1. Monte Carlo ve Tavlamayla Benzetim Yöntemi 37 2.3.5. Rietveld Yönteminin Teorisi 40 2.3.5.A. En Küçük Kareler Arıtım Yöntemi 43 2.3.5.B. GOF (goodness-of-fit) Değerleri 45 2.3.5.C. Rietveld Arıtımında Kullanılan Başlıca Basamaklar 47 2.3.5.D. Rietveld Arıtım Sonucunu Değerlendirmek 48 2.3.5.E. Sınırlayıcılar 49 3. KURAMSAL BİLGİ 2: YOĞUNLUK FONKSİYONELİ KURAMI (DENSITY FUNCTIONAL THEORY) (DFT) 50 3.1. Yerel Yoğunluk Yaklaşımı (Local Density Approximation) (LDA) 53 3.2. Genelleştirilmiş Gradyent Yaklaşımı (Generalized Gradient Approximation) (GGA) 53 3.3. Tam Değiş Tokuş Enerji Fonksiyoneli (Exact Exchange Energy Functional) (EXX) 54 3.4. Harman Fonksiyonelleri (Hybrid Functionals) (HYB) 54 3.5. Dağınım Düzeltmeli Yoğunluk Fonksiyoneli Kuramı (Dispersion-Corrected Density Functional Theory) (DFT-D) 55 3.6. Bloch Teoremi, Düzlem Dalga Formülasyonu ve Psüdo Potansiyel 56 4. X-IŞINI TOZ KIRINIM VERİSİ İLE KRİSTAL YAPININ BELİRLENMESİNDE KULLANILAN PROGRAMLAR 58 4.1. İndisleme Basamağında Kullanılan Programlar 58 4.1.1. TOPAS (TOtal Pattern Analysis Solutions) 4.2 Programı 58 4.1.2. EXPO Programı 60 4.1.3. ITO (Automatic Powder Indexing by Zone Indexing ) 60 4.1.4. DICVOL (Powder Indexing Program by Dichotomy Method) 61 4.1.5. TREOR (Trial-and-Error Powder Indexing Program) 62 4.1.6. McMaille (Monte Carlo Powder Indexing Program) 63 4.2. Yapı Çözümü Basamağında Kullanılan Programlar 63 4.2.1. DASH Programı 63 4.2.2. FOX Programı 64 4.3. Rietveld Arıtım Basamağında Kullanılan Programlar 64 4.3.1. TOPAS Akademik Programı ve Programla Uygulanan Rietveld Arıtım 64 4.3.2. FullProf Programı ve Programla Uygulanan Rietveld Arıtımı 66 5. DENEYSEL ÇALIŞMALAR 70 5.1. GRUP A: Sinkrotron X-Işını Toz Kırınımı Verisinden Yapı Analizi 72 5.1.1. Bileşik 1: C23H18Cl2N4OS Bileşiğinin Yapı Çözümü ve Rietveld Arıtımı 72 5.1.2. Bileşik 2 ve 3: Sırasıyla C23H16F2N4S ve C23H16ClFN4S Bileşiklerinin Yapı Çözümü ve Rietveld Arıtımı 80 5.1.3. Bileşik 4: C22H24N4OS Bileşiğinin Yapı Çözümü ve Rietveld Arıtımı 94 5.2. GRUP B: Laboratuvar X-Işını Toz Kırınımı Verisinden Yapı Analizi 102 5.2.1. Yöntem 103 5.2.1.A. Bileşik 5: C21H21FN4S Bileşiğinin Yapı Çözümü ve Rietveld Arıtımı 105 5.2.1.B. Bileşik 6 ve 7: Sırasıyla C24H18F2N4S ve C24H18ClFN4S Bileşiklerinin Yapı Çözümü ve Rietveld Arıtımı 112 6. SONUÇ 123 6.1. Bileşik 1: C23H18Cl2N4OS Bileşiğinin Kristali 125 6.2. Bileşik 2 ve 3: Eş Yapılı C23H16F2N4S ve C23H16ClFN4S Bileşiklerinin Kristalleri 130 6.3. Bileşik 4: C22H24N4OS Bileşiğinin Kristali 137 6.4. Bileşik 5: C21H21FN4S Bileşiğinin Kristali 145 6.5. Bileşik 6 ve 7: Eş Yapılı C24H18F2N4S ve C24H18ClFN4S Bileşiklerinin Kristalleri 155 7. TARTIŞMA 168 8. KAYNAKLAR 169 9. EKLER 178 9.1. EK 1: Bileşik 1-Bileşik 7’e ait PXRD Desenleri 178 9.2. EK 2: Bileşik 1 181 9.3. Ek 3: Bileşik 1: Makale 183 9.4. Ek 4: Bileşik 2 ve Bileşik 3 184 9.5. Ek 5: Bileşik 2 ve Bileşik 3: Makale 186 ÖZGEÇMİŞ 187  tr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherFen Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccesstr_TR
dc.subjectsinkrotron ve laboratuvar tipi x-ışını toz kırınımı
dc.subjectkristal yapı çözümü
dc.subjecttavlamayla benzetim
dc.subjecttriazol türevleri
dc.subjectrietveld arıtımı
dc.titleAntikanser Aktiviteye Sahip Kondanse Triazol Türevlerinin Kristal Yapılarının X-Işını Toz Kırınımı Yöntemiyle Belirlenmesitr_TR
dc.title.alternativeCrystal Structures Determination of Anticancer Active Fused Triazole Derivatives by X-Ray Powder Diffraction Methodtr_TR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesistr_TR
dc.description.ozet1,2,4-triazoller ve onların kondanse türevleri üzerinde yapılan antikanser aktivite çalışmalarında umut verici sonuçlar elde edildi. Yapılan epidemiyolojik çalışmalar, uzun süre ve düzenli nonsteroidal antiinflamatuvar (NSAİ) ilaç (ibuprofen, flurbiprofen, naproksen) kullanan bireylerde kanserin görülme sıklığında bir azalma olduğunu gösterdi. Bu tez çalışmasında antikanser etki gösteren yapısında NSAİ ilacı artığı taşıyan triazol türevi yeni bileşiklerin kristal yapıları X-ışını toz kırınımı yöntemiyle belirlendi. Yapısı analiz edilen bileşikler iki gruba ayrılmaktadır. Birinci grup bileşikler (Bileşik 1, Bileşik 6 ve Bileşik 7) 1,2,4-triazol-[3,4-b]-1,3,4-tiyadiazin halka sisteminden, ikinci grup bileşikler (Bileşik 2, Bileşik 3, Bileşik 4 ve Bileşik 5) ise 1,2,4-triazol-[3,4-b]-1,3,4-tiyadiazol halka sisteminden ve fonksiyonel gruptan oluşur. Her iki grup bileşik fonksiyonel grup olarak farklı kimyasal orantılı oksijen, karbon, flor, ibuprofen, klor, kükürt ve/veya hidrojen içerir. Bileşik 1, Bileşik 2, Bileşik 3 ve Bileşik 4 örneklerinin sinkrotron ölçümleri Ulusal Argon Laboratuvarı’nda 11-BM demet yolunda e–posta programı aracılığıyla toplandı. Bileşik 5, Bileşik 6 ve Bileşik 7 örneklerinin laboratuvar tipi X-ışını toz kırınımı verileri ise Mo anotlu “Bruker D8 Advance” X-ışını difraktometresi ile toplandı. X-Işını toz kırınımı verilerinden kristal yapının belirlenmesinde takip edilen sıralamada; ölçüm için örnek hazırlanması ve veri toplanması, birim hücre parametrelerinin ve uzay grubunun belirlenmesi (indisleme), tüm toz kırınım deseni uyumu (Pawley veya LeBail arıtımı), tavlamayla benzetim yöntemiyle yapısal çözüm ve yapının Rietveld arıtımı basamakları takip edildi. İndisleme basamağında TOPAS 4.2, McMaille, DICVOL, ITO ve EXPO programları kullanıldı. Yapı çözümü basamağında TOPAS 4.2 programından elde edilen indisleme sonuçları kullanıldı, yapı çözümü tavlamayla benzetim yöntemi ile FOX veya DASH paketi aracılığıyla uygulandı. Yapı çözümü için molekül fragmentleri Avogadro veya Gaussian programları ile hazırlandı. Rietveld arıtımları bağ uzunluğu, bağ açısı ve bazen düzlemsellik için hafif sınırlamalar da arıtıma dahil edilerek FullProf veya TOPAS akademik programları ile yapıldı. Rietveld arıtımlarında kullanılan hafif sınırlamalar sayesinde, kimyasal anlamlı yapı çözümleri elde edildi. Kristal yapıların Rietveld arıtımları sonucunda elde edilen deneysel toz kırınımı desenleri ile hesaplanan toz kırınımı desenleri arasında iyi bir uyum ve kabul edilebilir R-faktörleri ile χ2 değerleri elde edildi. Bileşik 2 ve Bileşik 3’e, Bileşik 6 ve Bileşik 7’ye ait yapıların eş yapılı olduğu belirlendi. Özellikle sınırlı X-ışını laboratuvar toz kırınımı verisi ile bulunan yapıların teorik yöntemlerle desteklenmesi amaçlandı. Bunun için deneysel olarak elde edilen yapılar teorik hesaplamalar sonucunda elde edilen yapılarla karşılaştırıldı ve benzer yapılar gözlendi. Bu tez çalışmasında yapısı belirlenen Bileşik 1, Bileşik 2 ve Bileşik 3’e ait çalışmalar 2017’de “Powder Diffraction” dergisinde yayımlandı.tr_TR
dc.contributor.departmentFizik Mühendisliğitr_TR


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record