Show simple item record

dc.contributor.advisorKocaefe, Çetin
dc.contributor.authorÖzdemir Saka, Cansu
dc.date.accessioned2018-07-05T06:07:08Z
dc.date.available2018-07-05T06:07:08Z
dc.date.issued2017
dc.date.submitted2017-12-25
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11655/4582
dc.description.abstractThe characteristics of the skeletal muscle degeneration are muscle fiber atrophy and fibrosis. The genetic and cellular therapeutic approaches for skeletal muscle treatment remain incapable due to the fibrosis. Studies concerning the cellular development of fibrosis demonstrated that “Fibro/Adipogenic progenitors (FAP)” ((CD45(-), CD31(-), CD11b(-), Sca1(+), CD140a(+)), are the primary stromal cell population that causes fibrosis and their activation is related to inflammation. However, the effect of FAP cells on the fibrosis development in chronic muscle degeneration is still unknown in the absence of inflammation. In this thesis, changes of stromal cell populations including CD140a(+)/Sca1(-), CD140a(+)/Sca1(+), and CD140a(-)/Sca1(+) was examined in experimental acute muscle injury, tenotomy, and denervation models. In addition, the correlation between cell activation and inflammation was investigated. Our results showed that CD140a(+)/Sca1(+) cells drastically increased and Sca1(+)/ CD140a(-) cell population was limited cellular activation in the presence of acute muscle injury. Only CD140a(-)/Sca1(+) cell population was activated in tenotomy while CD140a(+)/Sca1(+) cells was activated in denervation. In all three experimental models, there were no significant quantitative differences in terms of CD140a(+)/Sca1(-) cell population. This thesis study proved that the activation of stromal cells in chronic degeneration model occurs inflammation-independent and the CD140a(-)/Sca1(+) cell population which is active in tenotomy and acute muscle injury is different from CD140a(+)/Sca1(+) stromal cell population. In addition, these cells have been shown to contribute fibrosis development as a result of RNA sequencing analysis.tr_TR
dc.description.sponsorshipTÜBİTAK SBAG 115S849tr_TR
dc.description.tableofcontentsONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv ETİK BEYAN v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER ve KISALTMALAR DİZİNİ xiii ŞEKİLLER DİZİNİ xv TABLOLAR DİZİNİ xvii 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 3 2.1. İskelet Kas Dokusunun Genel Özellikleri 3 2.2. İskelet Kas Dokusunun İdamesi ve Rejenerasyonu 4 2.2.1. Akut Kas Hasarı ve Rejenerasyon Sürecinde İnflamatuar Hücrelerin Etkisi 5 2.2.2. Kronik Kas Dejenerasyonu ve İnflamatuar Hücrelerin Etkisi 7 2.3. Kas Dokusunun Hücresel Bileşenleri 8 2.3.1. Miyojenik Farklılaşma Özelliği Bulunan Kök/Projenitör Hücreler 8 2.3.2. Miyojenik Farklılaşma Özelliği Bulunmayan Kök/Projenitör Hücreler 10 2.4. Fibrozisin Hücresel ve Moleküler Gelişim Mekanizması 15 2.5. İskelet Kası Çalışmalarında Kullanılan Deneysel HayvanModelleri 17 2.5.1. Genetik Modeller 17 2.5.2. Akut Hasar Modeli 18 2.5.3. Hareketsizleştirme Modelleri 18 x 3. GEREÇ ve YÖNTEM 20 3.1. GEREÇ 20 3.1.1. Cerrahi Malzemeler 20 3.1.2. Akut Kas Hasar Modeli 20 3.1.3. Akut ve Kronik Hasar Sürecinde Hücre Aktivasyon Analizi 20 3.1.4. Doku Bloklama 20 3.1.5. Histolojik Analiz 20 3.1.6. İmmunfloresan Boyama 20 3.1.7. Tek Çekirdekli Hücre İzolasyonu 21 3.1.8. Yüzey Belirteç Boyaması 21 3.1.9. BrdU Boyaması 21 3.1.10. Stromal Hücre Kültürü 22 3.1.11. Adipojenik Farklılaşma Ortamı 22 3.1.12. Miyojenik Farklılaşma Ortamı 22 3.1.13. RNA İzolasyonu 22 3.1.14. cDNA Kütüphanesi Oluşturma 23 3.1.15. Yüksek Ölçekli RNA Dizileme 23 3.2. YÖNTEMLER 24 3.2.1. Akut Kas Dejenerasyon Modelinin Oluşturulması 24 3.2.2. Kronik Kas Dejenerasyon Modelinin Oluşturulması 24 3.2.2.1. Tenotomi Modelinin Oluşturulması 25 3.2.2.2. Denervasyon Modelinin Oluşturulması 25 3.2.3. Dokudan Mononükleer Hücre İzolasyonu 26 3.2.4. Hücre Yüzey Belirteç İşaretlemesi 27 3.2.5. Akut ve Kronik Hasar Sürecinde Aktive Olan Hücre Populasyonlarının Saptanması Amacı ile BrDU boyaması 28 3.2.6. Stromal Hücre Kültürü 29 3.2.7. Adipojenik Farklılaşma Ortamı 29 3.2.8. Miyojenik Farklılaşma Ortamı 30 3.2.9. RNA İzolasyonu 30 xi 3.2.10. İmmunfloresan Boyama 31 3.2.11. Yüksek Ölçekli RNA Dizileme Çalışması 32 3.2.12. Verilerin Değerlendirilmesi ve Analizi 36 4 BULGULAR 37 4.1 Akut Kas Dejenerasyonunun Oluşturulması ve Hasar Sonrası Tamir Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi. 37 4.1.1. Akut Kas Dejenerasyon Modelinin Oluşturulması 37 4.1.2. Hasar Sonrası Tamir Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi 38 4.2. Tenotomi Modelinin Oluşturulması ve Dejenerasyon Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi 42 4.2.1. Tenotomi Modelinin Oluşturulması 42 4.2.2. Tenotomi Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi 44 4.2.3. Tenotomi sürecinde inflamatuar hücre populasyon değişiminin incelenmesi. 48 4.3 Denervasyon Modelinin Oluşturulması ve Dejenerasyon Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi 50 4.3.1 Denervasyon Modelinin Oluşturulması 50 4.3.2 Dejenerasyon Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi 51 4.3.3 Denervasyon sürecinde inflamatuar hücre populasyon değişiminin incelenmesi 55 4.4 Stromal Hücre İzolasyonu, Kültürü ve Karakterizasyonu 56 4.4.1 Stromal Hücre İzolasyonu 56 4.4.2 Stromal Hücre Kültürü ve Karakterizasyonu 57 4.4.3 Dejenerasyon Sürecinde Aktive Olan CD140a(-)/Sca1(+) Hücre Populasyonunun Yüksek Ölçekli RNA Dizileme Analizi ile İncelenmesi 59 4.4.4 Tenotomi Sürecinde Total Kas Dokusunda Değişim Gösteren Gen İfade Değişimiyle Dejenerasyon Sürecinde Aktive Olan CD140a(-) /Sca1(+) Hücre Populasyonunun Yüksek Ölçekli RNA Dizileme Analizinin Karşılaştırılması 66 5 TARTIŞMA 68 xii 5.1 Akut Hasar Sürecinde İnflamasyon ile İlişkili Değişen Stromal Hücre Populasyonu 70 5.2 Tenotomi Sürecinde Değişen Stromal Hücre Populasyonu ve İnflamasyon İlişkisi 72 5.3 Denervasyon Sürecinde Değişen Stromal Hücre Populasyonu ve İnflamasyon İlişkisi. 73 5.4 CD140a(-)Sca1(+) Hücre Populasyonunun İzolasyonu ve Karakterizasyonu 75 5.5 CD140a(-)Sca1(+) Hücre Populasyonunun Aktivasyon Mekanizmasının İncelenmesi 76 6 SONUÇ ve ÖNERİLER 78 6.1 Sonuçlar 78 6.2 Öneriler 79 7 KAYNAKLAR 80 8 EKLER 84 EK-1: Yüksek Ölçekli RNA Dizi Analizi Kalite Kontrol Parametreleri EK-2: Tez Çalışması ile İlgili Etik Kurul İzinleri 9 ÖZGEÇMİŞtr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherSağlık Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccesstr_TR
dc.subjectİskelet Kası Dejenerasyonutr_TR
dc.subjectFibrozis
dc.subjectFibroadipojenik Projenitör
dc.titleİskelet Kası Dejenerasyonu Sürecinde Stromal Hücre Alt Gruplarının İncelenmesitr_TR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/masterThesistr_TR
dc.description.ozetİskelet kası dejenerasyon patolojisinin karakteristik bulguları kas lifi atrofisi ve fibrozis gelişimidir. Kas hastalıklarının tedavisine yönelik geliştirilen genetik ve hücresel tedavi yaklaşımları fibrozis nedeniyle yetersiz kalmıştır. Fibrozisin hücresel gelişim mekanizmalarının yönelik gerçekleştirilen çalışmalarda, “Fibro/Adipojenik projenitörler (FAP)” (CD45( ), CD31(-), CD11b(-), Sca1(+), CD140a(+)) olarak isimlendirilen stromal hücre populasyonunun, dokuda fibrozis gelişimini sağlayan ana hücre grubu olduğu ve aktivasyonunun inflamasyon ile ilişkili olduğu tanımlanmıştır. Ancak FAP hücrelerinin inflamasyondan bağımsız dejenerasyon patolojilerinde fibrozis gelişim mekanizmasına olan etkisi bilinmemektedir. Bu tez çalışması kapsamında, gerçekleştirilen akut kas hasarı, tenotomi ve denervasyon modellerinde stromal hücre değişim profillemesi CD140a(+)/Sca1(-), CD140a(+)/Sca1(+), CD140a( )/Sca1(+) yüzey belirteçleri yönünden gerçekleştirilmiş olup, hücresel aktivasyonların inflamasyon ile olan ilişkisi araştırılmıştır. Tez çalışması sonucunda inflamatuar ve endotel hücre grubunun dışında kalan hücre populasyonu içinde, akut kas hasarında CD140a(+)/Sca1(+) hücre grubu dramatik bir artış göstermiş olup, Sca1(+)/CD140a(-) hücre populasyonunda sınırlı bir hücresel aktivasyon meydana gelmiştir. Tenotomi modelinde sadece CD140a(-)/Sca1(+) hücre populasyonu, denervasyon modelinde ise CD140a(+)/Sca1(+) hücre populasyonu aktive olmuştur. CD140a(+)/Sca1(-) hücre populasyonunda her üç modelde herhangi bir oransal değişim meydana gelmemiştir. Tez çalışması sonucunda, kronik dejenerasyon modellerinde meydana gelen stromal hücre aktivasyonunun inflamasyondan bağımsız olarak meydana geldiği, tenotomi ve akut hasar modellerinde aktivasyon gösteren CD140a(-)/Sca1(+) hücre topluluğunun, CD140a(+)/Sca1(+) hücre populasyonunundan farklı bir stromal hücre grubu olduğu ve yüksek ölçekli RNA dizileme analizi sonucunda, fibrozis gelişimini sağladığı gösterilmiştir.tr_TR
dc.contributor.departmentKök Hücretr_TR
dc.contributor.authorID10174851tr_TR


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record