Show simple item record

dc.contributor.advisorSÜSLÜ, İncilay
dc.contributor.authorNENNİ, Merve
dc.date.accessioned2019-02-01T08:35:53Z
dc.date.issued2019
dc.date.submitted2019
dc.identifier.citationNenni, M. (2019). HepG2, Caco-2 ve HT-29 Kanser Hücrelerinde 2D Jel Elektroforez ve MALDI-TOF/TOF-MS) ile Ankaferd Hemostat’ ın İn-Vitro Antineoplastik Etkisinin Proteomik Açıdan Araştırılması. Doktora Tezi, Hacettepe Üniversitesi, Ankara.tr_TR
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11655/5772
dc.description.abstractOne of the breakthroughs in life sciences has been accomplished through the completion of the human genome project. However, the compose of the entire genome map has also brought a tough task for scientists. This task is the characterization of human proteome. Proteomic investigations are studies of the analysis of proteomes that change at the molecular level. Oncoproteomic is a branch of proteomics where proteomic technologies involving protein interactions in cancer cells are used. Oncoproteomic studies are being conducted to provide better understanding of cancer pathogenesis, to develop new tumor biomarkers for diagnosis and to provide early detection and diagnosis of samples using proteomic profiles. Within the scope of this thesis, Caco-2 and HT-29 colon cancer and HepG2 liver cancer cell lines were treated at different times by Ankaferd Hemostat (ABS; Ankaferd Blood Stopper®). Comparative proteomic studies were performed on cells treated with ABS (treated, T group) and untreated cells (control, C group). In proteomic studies, image analysis studies were performed for proteins belonging to groups C and T separated by two dimensional gel electrophoresis. Proteins that differed quantitatively by at least 2-fold when compared to groups C and T were analyzed by MALDI-TOF/TOF-MS and identified by peptide sequencing studies. Identified proteins were scanned in databases such as Uniprot and SwissProt, its functions, gene names, protein-protein interactions. Through the database of String, the biological processes and pathways that the ABS has affected in cancer cells have been identified.en
dc.description.sponsorship114S500 no'lu TUBİTAK 1001 projesi ve 17656 no’lu Hacettepe BAB Projesitr_TR
dc.description.tableofcontentsİÇİNDEKİLER ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv ETİK BEYAN v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER ve KISALTMALAR xii ŞEKİLLER xiv TABLOLAR xviii 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 5 2.1. Proteom ve Proteomik 5 2.2. Proteomik Araştırma Stratejileri 11 2.3. Proteom Araştırmasında Kullanılan Teknikler 12 2.4. Jel Temelli Ayırma Yaklaşımları 13 2.5. Elektroforez ve Türleri 15 2.5.1. 2 Boyutlu (2D) Jel Elektroforez 16 2.6. Proteomik Çalışmalarda Kütle Spektrometresinin Yeri ve Önemi 21 2.6.1. Kütle Spektroskopisi 21 2.6.2. Geçmişten Günümüze Proteomik Analizlerde Kütle Spektroskopisi 22 2.6.3. İyonlaştırma Yöntemleri 24 2.6.4. MALDI (Matriks Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon) 25 2.6.5. Peptid Dizileme Çalışmaları ve De Novo Dizileme 28 2.6.6. Veri Bankalarının Araştırılması ve Protein Modifikasyonları 31 2.7. Kanser ve Proteomik 31 2.7.1. Kolon Kanseri 33 2.7.2. Karaciğer Kanseri 36 3. GEREÇ VE YÖNTEM 39 3.1. Hücre Kültürü Çalışmaları 43 3.2. Sitozolik Fraksiyon Eldesi 44 3.3. Protein Miktar Tayini 44 3.4. Proteinlerin Çöktürülmesi 45 3.5. Proteinlerin IPG Şeride Yüklenmesi 45 3.6. IEF Uygulaması (1. Boyut) 47 3.7. SDS - PAGE Uygulaması (2. Boyut) 49 3.8. Jellerin Boyanması ve Görüntülenmesi 53 3.8.1. Coomassie Mavisi ile Boyama İşlemi 53 3.8.2. SYPRO - Ruby ile Boyama İşlemi 54 3.9. İmaj Analizi Çalışmaları 55 3.10. Spot Kesimi, Jelden Spotların Elüsyonu ve Proteinlerin Peptidlerine Parçalanması 56 3.11. Proteinlerin MALDI-TOF/TOF-MS ile Analizi ve Peptid Dizileme ile Proteinlerin Tanımlanması 56 3.12. Farklılaşan Proteinlerin Fonksiyonu ve Protein - Protein Etkileşimi 57 4. BULGULAR 58 4.1. Hücre Kültürü Çalışmalarına İlişkin Bulgular 58 4.2. Protein Miktar Tayini 58 4.3. Caco-2 Kolon Kanseri Hücrelerinde Proteomik Çalışma Bulguları 59 4.3.1. İmaj Analizi Çalışmaları 59 4.3.2 Peptid Dizileme ile Proteinlerin Tanımlanması 76 4.4. HT-29 Kolon Kanseri Hücrelerinde Proteomik Çalışma Bulguları 79 4.4.1. İmaj Analizi Çalışmaları 79 4.4.2. Peptid Dizileme ile Proteinlerin Tanımlanması 101 4.5. HepG2 Karaciğer Kanseri Hücrelerinde Proteomik Çalışma Bulguları 104 4.5.1. İmaj Analizi Çalışmaları 104 4.5.2 Peptid Dizileme ile Proteinlerin Tanımlanması 114 4.6. Peptid Dizileme ve De Novo ile Proteinlerin Tanımlanması 116 5. TARTIŞMA 119 5.1. Caco-2 Kolon Kanseri Hücrelerinde ABS Etkisiyle Farklılaşan Proteinlerin Saptanması 127 5.2. Caco-2 Kolon Kanseri Hücrelerinde Farklılaşan Proteinlerin Yapıları, Fonksiyonları ve Protein - Protein Etkileşmeleri 130 5.3. HT-29 Kolon Kanseri Hücrelerinde ABS Etkisiyle Farklılaşan Proteinlerin Saptanması 142 5.4. HT-29 Kolon Kanseri Hücrelerinde Farklılaşan Proteinlerin Yapıları, Fonksiyonları ve Protein - Protein Etkileşmeleri 144 5.5. HepG2 Karaciğer Kanseri Hücrelerinde ABS Etkisiyle Farklılaşan Proteinlerin Saptanması 154 5.6. HepG2 Karaciğer Kanseri Hücrelerinde Farklılaşan Proteinlerin Yapıları, Fonksiyonları ve Protein - Protein Etkileşmeleri 155 5.7. Caco-2, HT-29 ve HepG2 Hücre Hatlarında ABS’ nin Antineoplastik Etkisinin İncelenmesi 160 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 165 7. KAYNAKLAR 168 8. EKLER Ek-1: ABS Muamelesiyle HepG2 Hücrelerinde Peptid Dizileme ve De Novo ile Farklılaşan Proteinlerin Tanımlanması Ek-2: Ankaferd Blood Stopper®’ ın Ruhsat Belgesi Ek-3: Orjinallik Raporu Ek-4: Dijital Makbuz 9. ÖZGEÇMİŞ tr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherSağlık Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccesstr_TR
dc.subjectProteomiktr_TR
dc.subjectKolon kanseritr_TR
dc.subjectKaraciğer kanseritr_TR
dc.subjectİki boyutlu (2D) jel elektroforeztr_TR
dc.subjectMALDI-TOF/TOF-MStr_TR
dc.subjectProtein etkileşimleritr_TR
dc.subjectAnkaferd Hemostattr_TR
dc.titleHepG2, Caco-2 ve HT-29 Kanser Hücrelerinde 2D Jel Elektroforez ve MALDI-TOF/TOF-MS) ile Ankaferd Hemostat’ ın İn-Vitro Antineoplastik Etkisinin Proteomik Açıdan Araştırılmasıtr_TR
dc.typedoctoralThesisen
dc.description.ozetYaşam bilimlerinde çığır açan keşiflerden biri insan genom projesinin tamamlanmasıyla gerçekleştirilmiştir. Ancak tüm genom haritasının oluşturulması, bilim adamları için zorlu bir görevi de beraberinde getirmiştir. Bu görev insan proteomunun karakterizasyonudur. Proteomik araştırmalar, moleküler seviyede değişim gösteren proteomların analizinin yapıldığı çalışmalardır. Onkoproteomik, kanser hücresindeki protein etkileşimlerini içeren proteomik teknolojilerin kullanıldığı proteomiklerin bir koludur. Kanser patogenezinin daha iyi anlaşılmasını sağlamak, tanı için yeni tümör biyobelirteçleri geliştirmek ve örneklerin proteom profili kullanılarak erken tespit ve teşhisi sağlamak için onkoproteomik çalışmalar yapılmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, Caco-2 ve HT-29 kolon kanseri ve HepG2 karaciğer kanseri hücre hatları, Ankaferd Hemostat (ABS; Ankaferd Blood Stopper®) ile farklı sürelerde muamele edilmiştir. ABS ile muamele edilen hücreler (işlenmiş, T grubu) ve muamele edilmeyen hücreler (kontrol, C grubu) üzerinde karşılaştırmalı proteomik çalışmalar yapılmıştır. Proteomik çalışmalarda, 2 boyutlu jel elektroforezle ayrılan C ve T gruplarına ait proteinler için imaj analizi çalışmaları yapılmıştır. C ve T grupları karşılaştırıldığında, nicel anlamda en az 2 kat farklılaşan proteinler, MALDI-TOF/TOF-MS ile analiz edilmiş ve peptid dizileme çalışmalarıyla tanımlanmıştır. Tanımlanan proteinler Uniprot ve SwissProt gibi veri tabanlarında taranıp yapıları, fonksiyonları, gen adları ve protein-protein etkileşimleri belirlenmiştir. String veri tabanı aracılığıyla da ABS’ nin, kanser hücrelerinde etkilediği biyolojik süreçler ve yolaklar tespit edilmiştir.tr_TR
dc.contributor.departmentEczacılık Temel Bilimleritr_TR
dc.embargo.terms6 aytr_TR
dc.embargo.lift2019-08-06T08:35:53Z


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record