Show simple item record

dc.contributor.advisorNEMUTLU, Emirhan
dc.contributor.authorÖZEN, Gürkan
dc.date.accessioned2019-07-03T12:08:27Z
dc.date.issued2019-06-25
dc.date.submitted2019-05-29
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11655/7722
dc.description.abstractÖzen G., In Vitro Analysis of Resistance to Chemotherapeutics in Colon Cancer by Metabolomic and Fluxomic Studies, Hacettepe University Graduate of Health Sciences, Analytical Chemistry Program, Ph.D. Thesis, Ankara, 2019. Today's innovative technologies permits to perform complex analyses like omics (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics and fluxomics). Detailed information obtained from omics analysis has great potential to understand the mechanism of diseases, to facilitate early diagnosis, to choose individual treatment strategies and to assess their effectiveness. Characterization of metabolic phenotype requires simultaneous and comprehensive analysis of a large number of metabolites and their turnover rates. Within the scope of thesis studies, changes in phenotype of human colon adenocarcinoma cell lines (Caco-2) which are in vitro models of colorectal cancer and human fetal colon cell lines (FHC) based on resistance devolepment to chematoratpotics were investigated by metabolomic, lipidomic and fluxomic analyzes. 18O isotope were used as a marking agent in fluxomic analyses. GC-MS and LC-qTOF-MS analytical instruments were used in the analysis of metabolomics, lipidomic and fluxomic. As a result of these analyzes, the more than 300 metabolites / lipids and 18O labeling percentages of 38 metabolites were calculated. In thesis studies, incorporation 18O in to Krebs cycle’s metabolites, amino acids, fatty acids and oligophosphonucleotides were determined fort he first time. The pathways analyses based on the significantly altered metabolits (p<0.05) showed that alteration in the malate-aspartate shuttle, amino acid, ammonia metabolism, glucose-alanine and urea cycles pathways changed depending on the resistance. The data obtained from comprehensive omics (metabolomics, lipidomics and fluxomics) studies of these cell lines showed differences in cell dynamics of resistance to chemotherapeutics. Keywords: Fluxomics, Metabolomics, Lipidomics, ,LC-qTOF-MS, GC-MS, Caco-2, colon adenocarcinoma Supported by: TUBİTAK 1001 Support Project (116Z292)tr_TR
dc.description.tableofcontentsİÇİNDEKİLER ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iiiv ETİK BEYAN iv TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER VE KISALTMALAR xi ŞEKİLLER xiv TABLOLAR xvii 1. GİRİŞ ve AMAÇ 1 2. GENEL BİLGİLER 3 2.1. Omiks Analizleri 5 2.1.1. Metabolomik 7 2.1.2. Lipidomiks 18 2.1.3. Fluksomiks 19 3. DENEYSEL KISIM 28 3.1. Kullanılan Kimyasal Maddeler 28 3.2. Kullanılan Cihazlar 28 3.3. Kullanılan Cam ve Sarf Malzemeler 29 3.4. Çözeltilerin Hazırlanması 29 3.5. Hücre Kültürü Çalışmaları 30 3.5.1. Kemoterapötiklere Dirençli Caco-2 ve FHC Hücre Hatlarının Geliştirilmesi 31 3.5.2. Hücre Hatlarının 18O ile İşaretlenmesi 32 3.6. Metabolomik Analizler 32 3.6.1. GC-MS Temelli Metabolomik Analizler 32 3.6.2. LC-qTOF-MS Temelli Metabolomik Analizler 33 3.6.3. Lipidomiks Analizler 34 3.7. Fluksomiks Analizler 35 3.7.1. Fosfonükleotitlerin 18O İzotop Analizleri 38 4. BULGULAR 40 4.1. Hücre Kültürü Çalışmaları 40 4.2. Kemoterapötiklere Dirençli Caco-2 Hücre Hatlarının Geliştirilmesi: 40 4.3. Metabolomik ve Lipidomik Analizler 41 4.4. Veri Analizi 43 4.5. Yolak Analizleri 72 4.6. Fluksomiks Analiz 83 5. TARTIŞMA 92 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 104 7. KAYNAKLAR 105 EK 1. Tez Çalışması ile İlgili Etik Kurul İzinleri EK 2. Orjinallik Raporu Ek 3. İstatistiksel Katsayıların Hesaplanması 9. ÖZGEÇMİŞtr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherSağlık Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesstr_TR
dc.rightsCC0 1.0 Universal*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/*
dc.subjectFluksomiktr_TR
dc.subject.lcshKonu Başlıkları Listesi::Bilim::Kimya::Analitik kimyatr_TR
dc.titleMetabolomik Ve Fluksomik Çalışmalar ile Kolon Kanserinde Kemoterapötiklere Karşı Direncin in Vitro Değerlendirilmesitr_TR
dc.typedoctoralThesisen
dc.description.ozetÖzen G., Metabolomik ve Fluksomik Çalışmalar İle Kolon Kanserinde Kemoterapötiklere Karşı Direncin İn Vitro Değerlendirilmesi, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Analitik Kimya Programı, Doktora Tezi, Ankara, 2019. Günümüzdeki yenilikçi teknolojiler sayesinde omiks (genomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik ve fluksomik) gibi karmaşık analizler yapılabilmektedir. Omik analizlerden elde edilen detaylı bilgi; hastalıkların mekanizmasını anlamak, erken teşhisini kolaylaştırmak, bireysel tedavi stratejilerini seçmek ve bunların etkinliğini değerlendirmek için büyük bir potansiyele sahiptir. Metabolomik fenotipinin belirlenebilmesi için çok sayıdaki metabolitin eş zamanlı ve kapsamlı analizlerinin yanı sıra döngü hızlarının da belirlenmesini gerektirir. Tez çalışmaları kapsamında kolorektal kanseri in-vitro modeli olan insan kolon adenokarsinom hücre hatlarına (Caco-2) ve kontrol olan insan fötal kolon hücre hatlarının (FHC) kematöratpotiklere karşı gözlenen direnç gelişimine bağlı olarak fenotipde gözlenen değişimler metabolomik, lipidomik ve fluksomik analizler ile incelenmiştir. Fluksomik analizlerde kararlı 18O izotopu işaretleme ajanı olarak kullanılmıştır. Metabolomik, lipidomik ve fluksomik analizlerin gerçekleştirilmesinde GC-MS ve LC-qTOF-MS analitik cihazları kullanılmıştır. Bu analizler sonucunda 300’ün üzerinde metabolit/lipit ve 38 metabolitin 18O işaretlenme yüzdeleri hesaplanmıştır. Tez kapsamında ilk kez 18O kararlı izotopu ile Krebs döngüsü metabolitleri, aminoasitler, yağ asitleri ve oligofosfonükleotitlerin işaretlenme yüzdeleri belirlenmiştir. İstatiksel olarak anlamlı bulunan metabolitler ile gerçekleştirilen yolak analizlerinde malat-aspartat mekiği, aminoasit, amonyak metabolizmaları ile glikoz-alanin ve üre döngülerine ait yolakların dirence bağlı olarak değiştiği gözlemlenmiştir. Elde edilen kapsamlı omiks (metabolomiks, lipidomiks ve fluksomiks) verileri, kemoterapötiklere karşı izlenen direncin hücre dinamiklerindeki farklılıklarını göstermiştir. Anahtar kelimeler: Fluksomik, Metabolomik, Lipidomik, LC-qTOF-MS, GC-MS, Caco-2, kolon adenokarsinom Destekleyen Kurum: TÜBİTAK 1001 Projesi (116Z292)tr_TR
dc.contributor.departmentAnalitik Kimyatr_TR
dc.embargo.termsAcik erisimtr_TR
dc.embargo.lift2019-07-03T12:08:27Z


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

info:eu-repo/semantics/openAccess
Except where otherwise noted, this item's license is described as info:eu-repo/semantics/openAccess